テーマ別に、私なりのお薦め新世紀エヴァンゲリオン小説を集めてみました。
残念ながら閉鎖されたサイトも多いですが、リンク切れサイトはInternet Archiveで閲覧できる場合もあります。
学園世界（エヴァがない、使徒も来ない通常の世界）のどこか神秘的な本編風レイ。皆が普通に学校（当然、修学旅行にも）に行って、やがては進学、就職、そして結婚する。そんな日常の中、最初どこか取り残されたような本編風レイが絆によって変わっていく物語です。
エヴァのファンフィクションでは、私が特に好きな分野だったりするんですが、あまり数がないのが残念。
SNOW WORLD（作・大丸氏、ことばの綾内）
君の髪は空の色（作・てらだたかし氏、COCHMA Temporary Web-Terminal内）
告白の思いで（作・凪澤 桂氏、Eternal Moment内）
イノセントワールド（作・ばーやん氏、ばーやんの小説部屋内）
エヴァの世界を動かしている「隠された真実」に正面から取り組み、独自の解釈や世界設定で読ませてくれる本格小説です。「ムー」系の話題(^^;が大好きな私のお気に入り分野。
新約・新世紀エヴァンゲリオン（作・カワウニ氏、游創館通信内）
ゲンドウは如何にしてユイと知り合い、結婚に至ったのか。京都の大学を舞台に語られる二人の青春。
鎮 魂歌 第一章（作・Ophanim氏、the Silent Ocean内）